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Une maladie auto-immune est consécutive à une anomalie du système immunitaire conduisant ce dernier à s'attaquer aux composants normaux de l'organisme (le « soi », d'où la racine auto- pour parler de ce trouble de l'immunité). Parmi ces maladies peuvent être citées la polyarthrite rhumatoïde, la sclérose en plaques, le diabète de type 1 — jadis appelé « diabète juvénile » ou « diabète insulino-dépendant » —, le lupus, les thyroïdites auto-immunes, le syndrome de Gougerot-Sjögren, etc. On distingue classiquement les maladies auto-immunes spécifiques d'organes, qui touchent un organe en particulier (comme les maladies auto-immunes de la thyroïde), et les maladies auto-immunes systémiques, telles que le lupus, qui peuvent toucher plusieurs organes. Au début du XXIe siècle en Occident, les maladies auto-immunes sont devenues la 3e cause de mortalité/morbidité après le cancer puis les maladies cardiovasculaires et à peu près dans les mêmes proportions.