Le commandement de la cyberdéfense (COMCYBER), placé sous l'autorité du chef d'état-major des armées rassemble à compter du 1er janvier 2017 l'ensemble des forces de cyberdéfense des armées françaises sous une même autorité opérationnelle, permanente et interarmées. Le COMCYBER est responsable de la protection des systèmes d’information placés sous la responsabilité du chef d’état-major des armées, de la conduite de la défense des systèmes d’information du ministère (à l’exclusion de ceux de la direction générale de la Sécurité extérieure (DGSE) et de la direction du renseignement et de la sécurité de la Défense (DRSD)) et de la conception, de la planification et de la conduite des opérations militaires de cyberdéfense, sous l’autorité du sous-chef d’état-major « opérations ». Il est également responsable de la préparation de l’avenir et de la politique RH du domaine cyber. Le COMCYBER assiste et conseille le ministre des Armées dans son domaine de compétence. Sa devise est : "Per Aether Pugnamus - A travers l'Ether nous menons le combat". Pour remplir ses missions, le COMCYBER a consolidé son organisation autour de deux structures : La première, à Paris, est composée d’un état-major de la cyberdéfense (EM-CYBER) et constitue l’échelon de commandement, d’orientations stratégiques, de conception et de conduite des opérations, via le centre opérationnel cyber (CO-CYBER). La deuxième est le Groupement de la cyberdéfense des armées (GCA), qui a été créé le 1er septembre 2020. Basé à Saint-Jacques-de-la-Lande, dans le premier bâtiment dédié à la cyber « Commandant Roger Baudouin », cet organisme interarmées est le lieu de développement et de mise en commun des compétences en cyberdéfense, en regroupant les centres spécialisés en cyberdéfense : le Centre d’analyse en lutte informatique défensive (CALID) ; le Centre d'audits de la sécurité des systèmes d'information (CASSI) ; le Centre des homologations principales interarmées (CHPI) ; l'Académie de la cyberdéfense (ACy).
