Les maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) regroupent les maladies liées à l'inflammation de l'intestin à caractère chronique. Leur origine est inconnue, mais dans un certain nombre de cas au moins, elles pourraient être liées à une prédisposition génétique (conséquence de l'évolution humaine et de l'aseptisation de l'environnement actuel) et aux faibles doses de nombreux résidus de produits toxiques contenus dans l'alimentation moderne. La maladie peut se définir comme une inflammation chronique de l'intestin qui induit une modification du microbiote qui en retour entretient l'inflammation. La modification du microbiote est par ailleurs multifactorielle : génétique, alimentation, interaction avec le virobiote (phages), traitements antibiotiques.