De nombreuses études scientifiques concernant l'identification des causes de la transidentité ont été menées et soutiennent différentes hypothèses, dont une exposition prénatale ou postnatale à certaines hormones, une apparence des parties génitales hors normes, l'éducation ou encore la structure du cerveau. Ces explications sont parfois concurrentes et tendent à supposer une différence biologique plutôt que seulement psychologique ou influencée par l'environnement social, bien que cette dernière soit aussi parfois citée.